Di dalam Gedung Agung ini Ibu Fatmawati yang hamil tua melahirkan Megawati Soekarnoputri pada Januari 1947.
Kota Yogyakarta mempunyai peran penting dalam revolusi. Ketika Belanda melakukan agresi militer Januari 1946, untuk menduduki kembali Indonesia, pemerintahan Republik Indonesia mengungsi ke Yogyakarta. Presiden Sukarno dan Moh Hatta lalu memimpin pemerintahan dari Yogyakarta.
Gedung Agung dibangun sebagai kediaman resmi Residen pada Mei 1824 ketika Residen Anthonie Hendriks Smissaert memegang jabatan. Gubernur Jenderal di Batavia menunjuk seorang arsitek bernama A.A.J. Payen yang juga guru seni lukis Raden Saleh untuk membuat desain gedung.